ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยพะเยา พ.ศ. 2533 มาตรา 21 กำหนดว่า สภามหาวิทยาลัยมีอำนาจ
และหน้าที่ควบคุมดูแลกิจการทั่วไปของมหาวิทยาลัยโดยเฉพาะให้มีอำนาจและหน้าที่ ดังนี้
1. วางนโยบาย และอนุมัติแผนพัฒนาของมหาวิทยาลัยเกี่ยวกับการดำเนินการตามวัตถุประสงค์ในมาตรา 6
2. ออกข้อบังคับ ระเบียบ และประกาศของมหาวิทยาลัย เพื่อประโยชน์ในการปฏิบัติงานของมหาวิทยาลัย และอาจมอบหมายให้ส่วนงานใดในมหาวิทยาลัยเป็นผู้ออกข้อบังคับ ระเบียบและประกาศสำหรับส่วนงานนั้นเป็นเรื่อง ๆ ไปก็ได้
3. อนุมัติการให้ปริญญา ประกาศนียบัตรบัณฑิตชั้นสูง ประกาศนียบัตรบัณฑิต อนุปริญญา และประกาศนียบัตร ทั้งของมหาวิทยาลัยและที่มหาวิทยาลัยจัดการศึกษาร่วมกับสถานศึกษาชั้นสูงหรือสถาบันอื่น รวมทั้งอนุมัติการให้ปริญญากิตติมศักดิ์
4. อนุมัติการจัดตั้ง การรวม และการยุบเลิกส่วนงานตามมาตรา 7 รวมทั้งการแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงานดังกล่าว
5. อนุมัติการรับเข้าสมทบ การจัดการศึกษาร่วม หรือการยกเลิกการสมทบ การยกเลิกการจัดการศึกษาร่วมของสถานศึกษาชั้นสูงและสถาบันวิจัยอื่น
6. อนุมัติหลักสูตรการศึกษาและการเปิดสอน รวมทั้งการปรับปรุง การยุบรวมหรือการยกเลิกหลักสูตรการศึกษา
7. พิจารณาดำเนินการเพื่อทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ แต่งตั้งและพิจารณาถอดถอนนายกสภามหาวิทยาลัย กรรมการสภามหาวิทยาลัยผู้ทรงคุณวุฒิ อธิการบดี ศาสตราจารย์และศาสตราจารย์พิเศษ
8. แต่งตั้งและถอดถอนรองอธิการบดี หัวหน้าส่วนงานตามมาตรา 7 (3) และ (4) ศาสตราจารย์เกียรติคุณ รองศาสตราจารย์ รองศาสตราจารย์พิเศษ ผู้ช่วยศาสตราจารย์ผู้ช่วยศาสตราจารย์พิเศษ และตำแหน่งทางวิชาการที่เรียกชื่ออย่างอื่น
9. แต่งตั้งและถอดถอนประธานกรรมการและกรรมการส่งเสริมกิจการมหาวิทยาลัย
10. ออกข้อบังคับว่าด้วยการบริหารงานบุคคลของมหาวิทยาลัย
11. วางนโยบายและวิธีการเกี่ยวกับการจัดหารายได้ และการจัดตั้งองค์กรที่เป็นนิติบุคคล
12. ออกข้อบังคับ ระเบียบ และประกาศเกี่ยวกับการบริหารการเงิน การคลัง การพัสดุและทรัพย์สินของมหาวิทยาลัย
13. อนุมัติการตั้งงบประมาณรายรับ และอนุมัติงบประมาณรายจ่ายของมหาวิทยาลัย
14. แต่งตั้งผู้มีคุณสมบัติตามมาตรา 32 ให้รักษาการแทนอธิการบดี ในกรณีที่ตำแหน่งอธิการบดีว่างลง
15. แต่งตั้งคณะกรรมการ คณะอนุกรรมการ หรือบุคคลใดบุคคลหนึ่งเพื่อกระทำการใด ๆ อันอยู่ในอำนาจและหน้าที่ของสภามหาวิทยาลัย
16. ติดตามและประเมินผลการดำเนินงานของอธิการบดี และหัวหน้าส่วนงานตามมาตรา 7
17. ปฏิบัติหน้าที่อื่นเกี่ยวกับกิจการของมหาวิทยาลัย ที่มิได้ระบุให้เป็นหน้าที่ของผู้ใดโดยเฉพาะ
